Del obveznega programa so tudi izbirni predmeti, ki jih učenec izbere glede na svoje interese, sposobnosti in nadarjenost. Učenec izbere dve uri izbirnih predmetov tedensko. S soglasjem staršev lahko učenec obiskuje tedensko tri ure izbirnih predmetov. Učenec 7., 8. in 9. razreda, ki obiskuje glasbeno šolo z javno veljavnim programom, je na predlog staršev lahko oproščen sodelovanja pri izbirnih predmetih. Starši morajo v takšnem primeru vložiti pisno vlogo.
Pri nekaterih izbirnih predmetih bo zaradi izvajanja dela dejavnosti izven šole potreben tudi denarni prispevek staršev, saj se bodo dejavnosti izvajale v strnjeni obliki (obisk predstave, plavanje, obisk opere …).
